E' probabile che fin dal 1520 esistesse un Orto con collezioni di piante officinali presso l'abitazione in Pavia di Leonardo Leggi, Lettore di "Medicina Pratica Ordinaria", ma l'ubicazione di questo primo Orto rimane incerta, come pure è probabile che esso abbia cambiato sede più volte durante il Lettorato dei Semplici nel quale si successero una trentina di Lettori, fino al 1763, quando diventa Lettore Fulgenzio Vitman, cui si deve l'opera di sensibilizzazione e persuasione delle autorità competenti al fine di creare una struttura adeguata per l'insegnamento della Botanica.
Per quanto riguarda la struttura: un complesso lavoro di riorganizzazione iniziato da qualche anno e ancora in corso tende a costituire cataloghi delle specie presenti. Pur lasciando spazi per l'incremento delle specie della flora lombarda e di quelle esotiche necessarie per la didattica, l'orientamento prevalente prevede l'aumento e la costituzione ex novo di collezioni monografiche, per generi o famiglie di particolare interesse scientifico-didattico e compatibili con le condizioni climatiche locali. Le destinazioni degli spazi sono:
l'arboreto,
le serre di Scopoli,
la serra delle piante utilitarie,
la serra caldo umida,
piccole collezioni,
il settore delle Angiosperme,
il settore delle Gimnosperme,
il roseto,
la serra delle orchidee,
le azalee.
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